Badan Pendiri adalah Badan Pekerja Am Sinode Gereja Kristen Injili di Tanah Papua
B. Badan Penyelenggara
Badan Penyelenggara adalah Yayasan Izaak Samuel Kijne yang dibentuk berdasarkan akte notaris nomor ....., yang telah diperbaharui dengan akte notaris nomor ....
Susunan Pengurus Yayasan Izaak Samuel Kijne adalah sebagai berikut:
1. Ketua:
2. Wakil Ketua:
3. Sekretaris:
4. Bendahara:
C. Dewan Penyantun
Dewan Penyantun adalah alat kelengkapan yang mempunyai tugas sebagai perantara untuk menjalin hubungan antara STT GKI I.S. Kijne dan masyarakat, gereja, instansi pemerintah, badan swasta, terutama dalam hubungannya dengan kegiatan pengembangan dan peran STT GKI I.S. Kijne.
Anggota Dewan Penyantun STT GKI I.S. Kijne adalah sebagai berikut:
1.
2.
3.
D. Badan Pelaksana
Badan Pelaksana adalah STT GKI I.S. Kijne Jayapura, yang struktur organisasinya adalah sebagai berikut:
1. Senat STT GKI I.S. Kijne Jayapura
2. Unsur Pimpinan
- Ketua: Dr. M. Gemnafle, M.Pd
- Wakil Ketua I: Pdt. Dr. M. Th. Mawene
- Wakil Ketua II: Pdt. J. A. Ayomi, M.Th
- Wakil Ketua III: Pdt. J. F. Onim, M.Th
- Wakil Ketua IV
3. Unsur Pelaksana Akademik
- Jurusan Teologi
Ketua: Pdt. Zeth F. Tan, M.Th
Sekretaris: Pdt. D. Jenbise, M.Th
- Jurusan Pendidikan Agama Kristen
- Program Pascasarjana
Sekretaris: Pdt. Cleopatrizia T. F. Ruhulessin, M.Si
Staf: 1. Oktofianus Fransius Hugo Rumbiak, S.Th
2. Santy Layan
- Pusat Penelitian dan Pengabdian Masyarakat
4. Unsur Pelaksana Administrasi
- Bagian Tata Usaha
Staf:
- Bagian Akademik dan Kemahasiswaan
Staf: 1. Betty I.M. Aruan, S.Th
2. Evanglis Ayomi
- Bagian Perencanaan dan Informasi
2. Jefrianus Duwit, SE
5. Unsur Penunjang
- Perpustakaan
Staf: 1. Pdt. Obaja Korwa, S.Th
2. Melkias Menase Saweri
- Laboratorium PAK
6. Unsur Pemantauan dan Evaluasi
- Pusat Jaminan Mutu
- Satuan Pengendali Internal
7. Unsur Pelayanan Umum
- Unit Pembinaan Spiritual
- Unit Kesehatan Kampus